质量保证金的处理方式如下：监理人应从第一个付款周期开始，在发包人的进度付款中按合同约定扣留质量保证金，直至扣留总额达到合同约定的金额或比例时为止。缺陷责任期满时，承包人向发包人申请到期应返还承包人剩余的质量保证金金额，发包人应在14日内会同承包人按合同约定内容核实承包人是否完成缺陷责任，如无异议，发包人应在核实后将剩余保证金返还承包人；如未完成缺陷责任，发包人有权扣留与未履行责任的剩余工作所需金额相应的质量保证金余额，并有权根据合同要求延长缺陷责任期，直至完成剩余工作为止。
【本文关联的相关法律依据】
《建设工程质量保证金管理暂行办法》第十一条发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于14天内会同承包人按照合同约定的内容进行核实。如无异议，发包人应当按照约定将保证金返还给承包人。对返还期限没有约定或者约定不明确的，发包人应当在核实后14天内将保证金返还承包人，逾期未返还的，依法承担违约责任。发包人在接到承包人返还保证金申请后14天内不予答复，经催告后14天内仍不予答复，视同认可承包人的返还保证金申请。
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