全黑豆/局部黑豆:
本来应该呈现淡淡青绿色的生豆变成黑色。
不成熟的豆子在精制的过程中过度发酵，导致微生物感染，味道混杂，酸臭味、霉味、药物味(酚味phenoic)等等，可能含有生物毒素。 ；
酸豆/局部酸豆:
生豆呈现黄色、黄褐色或红褐色外观，通常伴随发黑的胚芽，采收或后处理时微生物入侵感染，发生污染性发酵，只要有一粒就有刺激性酸味和恶心的味道。
霉菌破坏豆:
生豆呈现黄色、黄褐色或红褐色斑点，有时斑点上有粉状物，储存不良是主因，如散发孢子会感染其他豆子。
味道混杂，发酵味、霉味、土味、酚味等……可能含有生物毒素。
虫蛀豆:
生豆有虫蛀的孔洞，超过3个孔就列入严重虫蛀。主要是受到Hypothenemus hampei ( 咖啡螟虫) 的侵入激腐臭味、浊味、霉味、刺激性酸味等，影响熟豆外观可能含有生物毒素。
未成熟豆：
包裹着黄绿苍白的银皮且不易剥离，生豆内弯。因为不成熟，豆子里的成份不足而且生涩居多，有稻杆味或草青味，会严重破坏口感。影响熟豆外观
萎凋豆：
生豆外观如缩水般皱褶。起因于营养不良，因此造就不出好咖啡的滋味，呈现干草味影响熟豆外观浮豆。呈现苍白外观，放入水中会浮起来。加工时过度干燥造成。
有时有发酵味、霉味、土味等味道或异味不强烈，但是会影响咖啡的滋味。
带壳豆：
脱壳处理时不当，咖啡豆外层的羊皮层(parchment)未脱去，通常可被筛捡出来。
贝壳豆：
状似贝壳，因为遗传基因的变异造成。形体单薄，烘焙时较易碳化产生焦味。过多炭化的成份会对健康产生不良的影响。
破烈豆：
精制过程损伤，如脱壳、水洗等，有时破损边会变成黑色。
有发酵味、霉味、土味等味道，烘焙时也较易碳化产生焦味。影响熟豆外观，过多碳化的成份会对健康产生不良的影响。
其它异物
非咖啡的杂质，包括树枝，石块，铜板等。产生各种异味。
比较可惜的是，基于成本的考量，并非所有的咖啡业者会认真地筛除瑕疵豆，而只是利用加工的技巧和贩卖的手法使它们不见于世，试想即使在现煮咖啡店里，店家曾经把要煮给你喝的咖啡豆让你看仔细了再煮吗？其实为了确保C/P我们都应该做这样的要求。
又如果你是自己在家冲煮咖啡，也一定要挑选出可能存在的瑕疵豆之后再享用。