肝脓肿主要分为两类，细菌性肝脓肿、阿米巴肝脓肿。两类肝脓肿发生的原因也有所不同。
（1）细菌性肝脓肿
1）胆道感染：细菌性肝脓肿的主要原因。如胆道蛔虫、胆管结石等并发化脓性胆管炎。
2）身体其他部位的感染：如化脓性骨髓炎、中耳炎、细菌性痢疾等，这些部位的细菌都可能随血液「跑到」肝脏，引起肝脏感染、化脓。
3）使肝脏暴露的外伤：直接被细菌感染。
（2）阿米巴肝脓肿，继发于肠道阿米巴（一种寄生虫）感染，是消化道传染导致。